Wynagrodzenie zasadnicze rozlicza się zwykle miesięcznie. Zaliczka na podatek dochodowy od osób fizycznych jest obliczana regularnie i przewidywalnie. Zupełnie inaczej wygląda sytuacja przy świadczeniach wypłacanych nieregularnie: premiach kwartalnych, rocznych, nagrodach uznaniowych czy wyrównaniach. Tu podstawowa zasada pozostaje ta sama, ale jej zastosowanie w praktyce może być źródłem wątpliwości i błędów.

Zgodnie z art. 11 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przychodem są otrzymane lub postawione do dyspozycji podatnika pieniądze i wartości pieniężne. W odniesieniu do świadczeń ze stosunku pracy oznacza to, że przychód powstaje w momencie faktycznej wypłaty (postawienia do dyspozycji pracownika) — nie w miesiącu, za który świadczenie przysługuje, nie w momencie jego przyznania ani nie w dacie zamknięcia listy płac.

Premię lub nagrodę dolicza się do pozostałych przychodów ze stosunku pracy uzyskanych w danym miesiącu i oblicza zaliczkę od łącznej kwoty. Oznacza to, że miesiąc wypłaty premii może przynieść pracownikowi wyraźnie wyższe potrącenie podatkowe niż zwykły miesiąc, szczególnie gdy suma wynagrodzenia i premii zbliża się do progu 120 000 zł lub go przekracza. Od nadwyżki ponad ten próg pracodawca pobiera zaliczkę według stawki 32%, a nie 12%. Przy obliczaniu zaliczki w miesiącu wypłaty premii stosuje się koszty uzyskania przychodu (250 zł lub 300 zł) i kwotę zmniejszającą podatek (300 zł miesięcznie przy złożonym PIT-2) — tak samo jak przy zwykłym wynagrodzeniu. Nie ma podstaw do stosowania odrębnych zasad wyłącznie dlatego, że świadczenie jest nieregularne.

Art. 32 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przewiduje wyjątek dla świadczeń niepieniężnych (w naturze, nieodpłatnych) przysługujących za okres dłuższy niż miesiąc. W takim przypadku przy obliczaniu zaliczek za poszczególne miesiące przyjmuje się ich wartość przypadającą na jeden miesiąc. Jeżeli nie da się ustalić, jaka część przypada na jeden miesiąc, a doliczenie całości w miesiącu uzyskania spowodowałoby niewspółmiernie wysoką zaliczkę w stosunku do wypłaty pieniężnej, to płatnik może, na wniosek pracownika, ograniczyć pobór zaliczki za dany miesiąc i pobrać pozostałą część w kolejnych miesiącach roku. To jednak wyjątek, a nie reguła — i dotyczy wyłącznie świadczeń niepieniężnych, nie premii pieniężnych.

W praktyce bywa, że pracodawca stara się przypisać premię kwartalną do miesięcy, za które przysługiwała (np. rozkładając ją na trzy miesiące wstecz, żeby uniknąć skokowego wzrostu zaliczki w miesiącu wypłaty). To podejście jest nieprawidłowe — przepisy nie dają takiej możliwości przy świadczeniach pieniężnych. Jedynym wyjątkiem byłoby faktyczne postawienie premii do dyspozycji pracownika wcześniej, ale samo przyznanie premii bez wypłaty nie tworzy jeszcze przychodu.

Jeśli premia nie została wypłacona w terminie wynikającym z regulaminu wynagradzania, a pracodawca wypłaca ją z opóźnieniem, nie zmienia to zasad opodatkowania. Zaliczkę pobiera się w miesiącu faktycznej wypłaty, niezależnie od przyczyny opóźnienia.