Nadpłata podatku dochodowego od osób fizycznych powstaje z dniem złożenia zeznania rocznego. Wynika to z art. 73 § 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej. W tym zakresie znaczenie ma dzień faktycznego złożenia deklaracji rocznej, a nie dzień, do którego deklaracja powinna zostać złożona zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa. Natomiast w przypadku konieczności dokonania korekty zeznania rocznego dniem powstania nadpłaty jest dzień złożenia korekty.

Zgodnie z treścią art. 77 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej nadpłata winna zostać zwrócona w terminie 3 miesięcy od dnia złożenia zeznania rocznego. W przypadku złożenia zeznania za pomocą środków komunikacji elektronicznej termin na zwrot nadpłaty wynosi 45 dni. Nadpłata wynikająca ze skorygowanej deklaracji podlega zwrotowi w terminie:

• 45 dni od dnia jej skorygowania – w przypadku skorygowania za pomocą środków komunikacji elektronicznej zeznania rocznego przez podatnika podatku dochodowego od osób fizycznych;
• 3 miesięcy od dnia upływu terminu do wniesienia sprzeciwu, w przypadku skorygowania zeznania na skutek postępowania dotyczącego stwierdzonych w deklaracji podatkowej błędów prowadzonego na podstawie art. 274 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej;
• 3 miesięcy od dnia jej skorygowania – w innych przypadkach niż określone powyżej.