Kara porządkowa wywołuje skutki prawne od momentu jej zastosowania. Ani złożenie sprzeciwu, ani wystąpienie do sądu pracy nie wstrzymuje skutku w postaci wpisania jej do akt osobowych, a w przypadku kary pieniężnej potrącenia jej z wynagrodzenia. Inaczej jest dopiero wtedy, gdy sprzeciw zostanie uwzględniony przez pracodawcę lub kara zostanie uchylona przez sąd — wówczas skutki są usuwane z mocą wsteczną.

Uwzględnienie sprzeciwu przez pracodawcę albo uprawomocnienie się wyroku sądu uchylającego karę powoduje, że kara porządkowa uznawana jest za niebyłą. Nie chodzi tu o samo anulowanie wpisu w aktach. Kara traktowana jest tak, jakby nigdy nie została nałożona. Pracodawca ma obowiązek niezwłocznego usunięcia z akt osobowych pracownika wszystkich dokumentów związanych z ukaraniem — odpisu zawiadomienia o ukaraniu, a w ocenie doktryny również innych dokumentów wytworzonych w toku postępowania, takich jak notatka z wysłuchania pracownika.

Odrębną konsekwencją uwzględnienia sprzeciwu lub uchylenia przez sąd kary pieniężnej jest obowiązek zwrotu potrąconej kwoty. Obowiązek ten wynika wprost z art. 112 § 3 Kodeksu pracy. Pracodawca musi zwrócić pracownikowi równowartość zastosowanej kary pieniężnej — niezależnie od tego, czy jej uchylenie nastąpiło na etapie wewnątrzzakładowym (uwzględnienie sprzeciwu), czy dopiero na etapie sądowym. W przypadku kar niemajątkowych (upomnienia i nagany) kwestia zwrotu oczywiście nie istnieje, bo kary te nie wiązały się z uszczupleniem wynagrodzenia pracownika.

Do czasu uwzględnienia sprzeciwu przez pracodawcę lub uprawomocnienia się orzeczenia sądu, kara porządkowa jest w pełni skuteczna i pracodawca może opierać na niej swoje decyzje, na przykład przy ocenie pracownika, planowaniu premii czy podejmowaniu decyzji o kolejnych krokach dyscyplinarnych. Samo złożenie sprzeciwu ani wniesienie pozwu do sądu pracy nie ma charakteru zawieszającego. Skutki uchylenia kary materializują się dopiero z chwilą jej formalnego usunięcia — i dopiero od tego momentu pracodawca nie może się na nią powoływać.