Pakiety medyczne od dawna są standardem w relacjach pracodawca–pracownik, ale coraz częściej mogą z nich korzystać również osoby wykonujące zadania na podstawie umów cywilnoprawnych. Jeśli omawiany benefit jest finansowany przez zleceniodawcę, to może podlegać opodatkowaniu. Aby prawidłowo zakwalifikować, czy takie świadczenie stanowi dla zleceniobiorcy przychód podlegający opodatkowaniu należy rozważyć, czy pakiet medyczny przynosi mu wymierną korzyść.

W praktyce wartość pakietu medycznego finansowanego przez zleceniodawcę stanowi przychód z działalności wykonywanej osobiście. Nie ma znaczenia, czy zleceniobiorca faktycznie korzysta z usług medycznych — liczy się samo udostępnienie świadczenia. Przychód powstaje w momencie postawienia pakietu do dyspozycji. Zleceniodawca ma obowiązek doliczyć sfinansowaną przez siebie wartość pakietu do podstawy opodatkowania i pobrać zaliczkę na podatek dochodowy od osób fizycznych, stosując koszty uzyskania przychodu właściwe dla umowy zlecenia. Wartość świadczenia ustala się według ceny zakupu pakietu przez zleceniodawcę.

Wyjątek dotyczy sytuacji, w której pakiet medyczny jest niezbędny do wykonania zlecenia, a jego zakres obejmuje wyłącznie świadczenia związane z bezpieczeństwem lub higieną pracy. W takim przypadku świadczenie może być neutralne podatkowo, ponieważ nie przynosi zleceniobiorcy osobistej korzyści, lecz służy wyłącznie realizacji umowy i jest spełniane w interesie zleceniodawcy. W praktyce jednak zazwyczaj pakiety medyczne mają charakter prywatny i obejmują usługi wykraczające poza obowiązkowe badania, dlatego zwolnienie podatkowe stosuje się bardzo rzadko.