Jednak w przypadku, gdy pracodawca uchyla się od zapłaty należnego pracownikowi wynagrodzenia za godziny nadliczbowe pracownik może wystąpić do sądu z pozwem o zapłatę. Środki wypłacone na takiej podstawie stanowią odszkodowanie za pracę w godzinach nadliczbowych. Powstaje wtedy wątpliwość, czy takie świadczenie należy opodatkować podatkiem dochodowym od osób fizycznych.

Z treści art. 21 ust. 1 pkt 3b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wynika, że wolne od podatku dochodowego są inne odszkodowania lub inne zadośćuczynienia otrzymane na podstawie wyroku lub ugody sądowej, do wysokości określonej w tym wyroku lub ugodzie, z wyjątkiem odszkodowań lub zadośćuczynień:

• otrzymanych w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą,
• dotyczących korzyści, które podatnik mógłby osiągnąć, gdyby mu szkody nie wyrządzono.

Z uwagi na fakt, iż odszkodowanie za pracę w godzinach nadliczbowych jest związane bezpośrednio ze świadczeniem pracy, powinno zostać zakwalifikowane do przychodu ze stosunku pracy. Podkreślić również należy, że przy wypłacie powyższego odszkodowania nie można zastosować zwolnienia, o którym mowa w ww. art. 21 ust. 1 pkt 3b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Takie odszkodowanie dotyczy bowiem utraconych korzyści, związanym z brakiem wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, które jako przychód ze stosunku pracy podlegałoby opodatkowaniu na zasadach ogólnych. Dlatego też w przypadku wypłaty takiego odszkodowania na płatniku ciąży obowiązek obliczenia, pobrania i odprowadzenia zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych.