W okresie epidemii COVID-19 świadczenie w postaci opłacenia przez pracodawcę szczepień przeciw grypie korzystało ze zwolnienia od opodatkowania, które wynikało z rozporządzenia z dnia 2 grudnia 2020 roku w sprawie zaniechania poboru podatku dochodowego od osób fizycznych od wartości nieodpłatnych świadczeń z tytułu szczepień ochronnych przeciw grypie. Zgodnie z treścią przywołanej regulacji świadczenie to obejmowało koszt badania kwalifikacyjnego, szczepionki, przeprowadzenia szczepienia i konsultacji specjalistycznej. Jeżeli świadczenie wchodzi w skład pakietu usług medycznych o szerszym zakresie niż wymieniony powyżej to zaniechanie poboru podatku miało zastosowanie do wartości świadczenia do wysokości nieprzekraczającej 100 zł w roku podatkowym.

Od dnia 16 maja 2022 roku zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Zdrowia z dnia 12 maja 2022 roku odwołany został w naszym kraju stan epidemii w związku z zakażeniami wirusem SARS-CoV-2, a tym samym z końcem maja 2022 roku uchylone zostało przedmiotowe zwolnienie. W tamtym momencie jednak ten temat zajmował niewielu pracodawców, nie był to bowiem czas zwiększonego zainteresowania szczepieniami.

Obecnie pracodawca, który umożliwia pracownikom skorzystanie z zapewnionych przez niego szczepionek przeciw grypie powinien wypełnić obowiązki płatnika. Powinien doliczyć wartość świadczenia do przychodu pracownika osiągniętego w miesiącu szczepienia, a następnie obliczyć, pobrać i wpłacić zaliczkę na podatek dochodowy od osób fizycznych.

Taki obowiązek nie powstanie jednak w każdym przypadku. Z art. 20 ust. 1 ustawy o zapobieganiu i zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych wynika obowiązek przeprowadzenia wśród pracowników narażonych na działanie biologicznych czynników chorobotwórczych zalecanych szczepień ochronnych wymaganych przy wykonywaniu czynności zawodowych w celu zapobiegania szerzeniu się zakażeń i chorób zakaźnych. Koszty ich przeprowadzania ponosi pracodawca (art. 20 ust. 3 ustawy o zapobieganiu i zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych). Wykaz rodzajów czynności zawodowych oraz zalecanych szczepień ochronnych określa rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 3 stycznia 2012 roku w sprawie wykazu rodzajów czynności zawodowych oraz zalecanych szczepień ochronnych wymaganych u pracowników, funkcjonariuszy, żołnierzy lub podwładnych podejmujących pracę, zatrudnionych lub wyznaczonych do wykonywania tych czynności.

Szczepienia przeciw grypie są zalecane dla pracowników podejmujących czynności w trakcie pełnienia służby lub wykonywania pracy w urzędach, jednostkach podległych i nadzorowanych przez Ministra obrony Narodowej (np. wojsko), ministra właściwego do spraw wewnętrznych (np. Policja), ministra właściwego do spraw zagranicznych, Ministra sprawiedliwości oraz szefa służby celnej, przy wykonywaniu których osoby je wykonujące są narażone na działanie biologicznego czynnika chorobotwórczego mogącego wywołać chorobę zakaźną, a podanie szczepionki przeciw tej chorobie zakaźnej powoduje uodpornienie na nią.

W okolicznościach opisanych powyżej, poniesione przez pracodawcę wydatki na przeprowadzenia szczepień i zakup szczepionek nie stanowią dla pracownika przychodu ze stosunku pracy, o którym mowa w art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 roku o podatku dochodowym od osób fizycznych.