Podwyższone koszty uzyskania przychodu przysługują pracownikom, którzy dojeżdżają do pracy z innej miejscowości. W praktyce może pojawić się pytanie, czy pracodawca może zastosować je z automatu, jeśli wie, że pracownik faktycznie dojeżdża, czy też konieczne jest złożenie przez pracownika oświadczenia.

Pracodawca może stosować podwyższone koszty wyłącznie wtedy, gdy pracownik złoży pisemne oświadczenie, że:

• miejscowość zamieszkania jest inna niż miejscowość zakładu pracy,
• nie otrzymuje dodatku za rozłąkę.

Bez takiego oświadczenia pracodawca musi stosować koszty podstawowe, nawet jeśli ma pełną wiedzę o miejscu zamieszkania pracownika (np. z dokumentów kadrowych).

Podwyższone koszty to preferencja podatkowa, która wpływa na wysokość miesięcznej zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych. Pracodawca nie może ich zastosować „z urzędu”. Może to zrobić tylko wtedy, gdy ma formalną podstawę, czyli oświadczenie pracownika. To chroni obie strony: pracodawcę — przed błędnym naliczeniem zaliczki, a pracownika przed nieprawidłowym rozliczeniem rocznym.

Jeżeli pracownik nie złoży oświadczenia, a mimo to dojeżdża z innej miejscowości, pracodawca nadal stosuje koszty podstawowe. Pracownik może jednak skorzystać z podwyższonych kosztów w dowolnym momencie po złożeniu oświadczenia albo rozliczyć je samodzielnie w zeznaniu rocznym, odzyskując różnicę w podatku.