Dane dotyczące zdrowia należą do kategorii danych szczególnie chronionych. Oznacza to, że pracodawca może je przetwarzać tylko wtedy, gdy pozwalają na to przepisy prawa lub gdy pracownik sam je ujawni z własnej inicjatywy. W praktyce zakres informacji zdrowotnych, do których pracodawca może mieć dostęp, jest bardzo wąski.

Podstawowym źródłem danych o zdrowiu pracownika są badania profilaktyczne. Pracodawca otrzymuje jednak wyłącznie orzeczenie lekarskie stwierdzające zdolność lub niezdolność do pracy na danym stanowisku. Nie ma prawa poznać diagnozy, wyników badań ani szczegółów dotyczących stanu zdrowia – lekarz medycyny pracy nie może ich ujawniać. Pracodawca przetwarza więc jedynie informację o tym, czy pracownik może wykonywać pracę, a nie dlaczego.

Dane o zdrowiu pojawiają się również w kontekście niezdolności do pracy. Pracodawca ma dostęp do elektronicznego zwolnienia lekarskiego (e‑ZLA), ale widzi tylko okres niezdolności oraz kod literowy wskazujący rodzaj zwolnienia. Nie ma dostępu do rozpoznania choroby ani szczegółów medycznych. Podobnie wygląda sytuacja w przypadku świadczeń związanych z rodzicielstwem – pracodawca widzi podstawę prawną zwolnienia, ale nie zna medycznych przyczyn.

Pracodawca może także przetwarzać dane o zdrowiu w związku z badaniem trzeźwości lub kontrolą na obecność środków działających podobnie do alkoholu, ale tylko wtedy, gdy wprowadził odpowiednią procedurę i spełnił wymogi informacyjne. Zakres danych jest tu ściśle ograniczony do wyniku badania oraz czasu jego przeprowadzenia.

Szczególną kategorią są dane dotyczące niepełnosprawności. Pracodawca może je przetwarzać wyłącznie wtedy, gdy pracownik sam je ujawni, np. w celu skorzystania z uprawnień lub gdy jest to konieczne do rozliczeń z PFRON. Pracodawca nie może jednak żądać diagnozy ani dokumentacji medycznej – wystarczające jest samo orzeczenie o stopniu niepełnosprawności.

W każdym przypadku obowiązuje zasada minimalizacji: pracodawca może przetwarzać tylko te dane zdrowotne, które są niezbędne do realizacji obowiązków wynikających z prawa pracy. Wszystkie pozostałe informacje – w tym pytania o choroby przewlekłe, historię leczenia czy wyniki badań – pozostają poza jego zasięgiem.