Wypłata wynagrodzenia byłemu pracownikowi to sytuacja, z którą działy kadr i płac stykają się regularnie. Choć z perspektywy pracownika to wciąż „wynagrodzenie ze stosunku pracy”, zasady obliczania zaliczki na PIT zmieniają się w istotny sposób w chwili, gdy stosunek pracy już nie trwa.

Przede wszystkim trzeba pamiętać, że z chwilą ustania stosunku pracy większość oświadczeń płacowych przestaje obowiązywać. Oświadczenia i wnioski składane przez zatrudnionych wiążą pracownika tylko w trakcie trwania zatrudnienia — z chwilą ustania umowy o pracę automatycznie tracą ważność takie dokumenty, jak oświadczenie PIT-2 o rozliczaniu kwoty wolnej, wniosek o podwyższenie kosztów uzyskania przychodów czy oświadczenie o wspólnym opodatkowaniu z małżonkiem. W praktyce oznacza to, że pracodawca nie stosuje już miesięcznej kwoty zmniejszającej podatek (1/12 kwoty wolnej) oraz nie może zastosować podwyższonych kosztów uzyskania przychodów — może uwzględnić koszty uzyskania przychodu jedynie w podstawowej wysokości.

Ustawodawca przewidział również wyjątki, które trzeba stosować nadal, mimo ustania zatrudnienia. Zgodnie z art. 31a ust. 7 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, po ustaniu stosunku prawnego płatnik pomija oświadczenia i wnioski złożone wcześniej przez podatnika, z wyjątkiem wniosków dotyczących obliczania zaliczek bez stosowania ulgi dla młodych, bez stosowania miesięcznych kosztów uzyskania przychodów oraz wniosku o rezygnację ze stosowania 50% kosztów uzyskania przychodów. Innymi słowy: jeśli były pracownik wcześniej zrzekł się ulgi dla młodych lub kosztów uzyskania przychodu, ta rezygnacja działa nadal — mimo zakończenia zatrudnienia.

Co istotne, płatnik zawsze pobiera zaliczkę. Wypłacając wynagrodzenie po rozwiązaniu stosunku pracy, płatnik musi pobrać zaliczkę na podatek dochodowy, nawet jeśli wynagrodzenie byłego pracownika nie przekracza kwoty wolnej od podatku. Brak zastosowania ulg przy wypłacie nie oznacza utraty prawa do nich — pracownik może je uwzględnić samodzielnie w rocznym rozliczeniu podatkowym.