W kodeksie pracy ustawodawca nie zamieścił definicji pojęcia „kierownik wyodrębnionej komórki organizacyjnej”, tak jak to uczynił w stosunku do osób zarządzających w imieniu pracodawcy zakładem pracy. W tym zakresie należy odnieść się do dorobku doktryny i judykatury. O uznaniu danego pracownika za kierownika wyodrębnionych komórek organizacyjnych decyduje posiadanie przez niego uprawnień kierowniczych. Wyrażają się one przede wszystkim w możliwości wydawania poleceń związanych z pracą innym pracownikom, a w szczególności dotyczących wykonywania pracy w godzinach nadliczbowych pod nadzorem zlecającego. Przeciwko uznaniu stanowiska za kierownicze przemawia natomiast brak podwładnych i współpraca z podmiotami zewnętrznymi (por. wyrok Sądu Najwyższego z dnia 4 czerwca 2008 r., sygn. akt II PK 326/07). Decydujące znaczenie dla prawidłowego zakwalifikowania danego pracownika do kategorii „kierownika wyodrębnionej komórki organizacyjnej” ma zakres faktycznie powierzonych mu obowiązków i odrębność kierowanej przez niego komórki organizacyjnej, a nie nazwa stanowiska.

Jak wynika z wyroku Sądu Najwyższego z dnia 13 stycznia 2005 roku (sygn. akt II PK 114/04): „Pracownik kierujący komórką organizacyjną wyodrębnioną w strukturze zakładu pracy nie zajmuje bowiem kierowniczego stanowiska, jeśli kieruje on zespołem pracowników przy jednoczesnym wykonywaniu pracy na równi z członkami takiegoż zespołu, przy czym nie chodzi tu bynajmniej o jednakowy zakres obowiązków, ale o sam fakt wykonywania pracy.” Analogicznie za kierownika wyodrębnionej komórki organizacyjnej nie może zostać uznana osoba przełożona w stosunku do innych osób, lecz nie posiadająca kompetencji do kierowania oddziałem zarówno pod względem organizacyjnym, jak i ekonomicznym (por. wyrok Sądu Apelacyjnego w Katowicach z dnia 22 grudnia 2011 roku, sygn. akt III APa 43/11).

Na zakończenie warto zwrócić uwagę, że kierownikom wyodrębnionych komórek organizacyjnych przysługuje prawo do wynagrodzenia oraz dodatku z tytułu pracy w godzinach nadliczbowych za pracę w godzinach nadliczbowych przypadających w niedzielę i święto, jeżeli w zamian za pracę w takim dniu nie otrzymali innego dnia wolnego od pracy (art. 151⁴ § 2 kodeksu pracy).