Pracodawca ustala, pobiera i wpłaca podatek od wynagrodzenia należnego pracownikowi. Bierze przy tym pod uwagę złożone przez pracownika oświadczenie dla celów obliczania miesięcznych zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych, czyli PIT-2. Ponadto, uwzględnia również koszty uzyskania przychodu w prawidłowej wysokości.

Koszty uzyskania przychodu ustawodawca określił jako kwotę zryczałtowaną, której wysokość jest uzależniona od liczby stosunków pracy, z jakich pracownik uzyskuje przychody. Ponadto, pracodawca może zastosować podwyższone koszty, jeśli miejsce stałego lub czasowego zamieszkania podatnika jest położone poza miejscowością, w której znajduje się zakład pracy, i podatnik nie uzyskuje dodatku za rozłąkę. Wysokość kosztów uzyskania przychodów wynika z art. 22 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych i wynosi:

1. 250 zł miesięcznie, a za rok podatkowy łącznie nie więcej niż 3000 zł – w przypadku gdy podatnik uzyskuje przychody z tytułu jednego stosunku służbowego, stosunku pracy, spółdzielczego stosunku pracy oraz pracy nakładczej;

2. łącznie nie więcej niż 4500 zł za rok podatkowy – w przypadku gdy podatnik uzyskuje przychody równocześnie z tytułu więcej niż jednego stosunku służbowego, stosunku pracy, spółdzielczego stosunku pracy oraz pracy nakładczej;

3. 300 zł miesięcznie, a za rok podatkowy łącznie nie więcej niż 3600 zł – w przypadku gdy miejsce stałego lub czasowego zamieszkania podatnika jest położone poza miejscowością, w której znajduje się zakład pracy, i podatnik nie uzyskuje dodatku za rozłąkę;

4. łącznie nie więcej niż 5400 zł za rok podatkowy – w przypadku gdy podatnik uzyskuje przychody równocześnie z tytułu więcej niż jednego stosunku służbowego, stosunku pracy, spółdzielczego stosunku pracy oraz pracy nakładczej, miejsce stałego lub czasowego zamieszkania podatnika jest położone poza miejscowością, w której znajduje się zakład pracy, i podatnik nie uzyskuje dodatku za rozłąkę.

Analiza treści przepisu prowadzi do wniosku, że dla wysokości kosztów uzyskania przychodu nie ma znaczenia wysokość przychodu uzyskanego przez pracownika, liczba wypłat w miesiącu czy wymiar czasu pracy. W konsekwencji w każdym miesiącu pracodawca może potrącić koszty uzyskania przychodu tylko raz w wysokości określonej przez ustawodawcę.

Jeśli pracownik złoży pracodawcy oświadczenie PIT-2, to pracodawca może uwzględniać kwotę wolną od podatku w odpowiedniej wysokości. Ma zatem uprawnienie do pomniejszenia zaliczki na podatek dochodowy o 1/12, 1/24 lub 1/36 kwoty zmniejszającej podatek. Wartość kwoty wolnej jest stała i nie jest uzależniona od wysokości wynagrodzenia, czy liczby wypłat w danym miesiącu. Podobnie jak koszty uzyskania przychodu, pracodawca może w danym miesiącu zastosować kwotę wolną tylko raz. 

Jeśli pracodawca zmieni datę wypłacania wynagrodzenia i będzie to skutkowało koniecznością dwukrotnej wypłaty w jednym miesiącu, to w przypadku drugiej pensji pracodawca nie może uwzględnić kosztów uzyskania przychodu i kwoty zmniejszającej podatek. W każdym miesiącu mogą one być uwzględnione tylko raz. Oznacza to, że zaliczka na podatek dochodowy odprowadzana od drugiego wynagrodzenia będzie wyższa.