Pracodawca pełni wobec pracownika funkcję płatnika zarówno na gruncie podatku dochodowego od osób fizycznych, jak i ubezpieczeń społecznych. Oznacza to, że jest zobowiązany naliczyć, pobrać i odprowadzić składki w imieniu pracownika. Wysokość składek na ubezpieczenie społeczne ma istotne znaczenie przy ustalaniu zaliczek na podatek dochodowy od wynagrodzeń uzyskiwanych przez pracowników.

Pracodawca, który w sposób nieprawidłowy rozliczył składki na ubezpieczenie społeczne, obowiązany jest do dokonania korekty dokumentów rozliczeniowych w ZUS. Nie ma natomiast obowiązku dokonywania korekty dokumentów podatkowych. Deklaracje PIT-4R i PIT-11 odzwierciedlają bowiem stan faktyczny istniejący w momencie ich składania, tj. wysokość pobranych przez płatnika składek na ubezpieczenia społeczne, a nie wysokość składek należnych. Nie zawierały one zatem błędu. Dokonana przez pracodawcę korekta wysokości składek na ubezpieczenie społeczne winna zostać uwzględniona dopiero w deklaracjach podatkowych za rok, w którym korekta została dokonana.

W przypadku, gdy w wyniku błędów przy rozliczaniu składek na ubezpieczenia społeczne powstaje nadpłata składek, wartość nadpłaty powinna zostać zwrócona pracownikowi. ZUS dokonuje zwrotu za pośrednictwem pracodawcy, czyli płatnika składek. Zwrot nadpłaconych składek stanowi dla pracownika przychód ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. W związku z tym pracodawca kwotę zwrotu dolicza do przychodów ze stosunku pracy uzyskanych przez pracownika w miesiącu, w którym zwrot nastąpił, i od tej kwoty pobiera zaliczkę na podatek dochodowy. Wartość zwracanych środków uwzględniana jest również w deklaracji PIT-11 za rok, w którym zwrot został dokonany.

Do pokrycia niedopłaty składek na ubezpieczenie społeczne obowiązany jest pracodawca. Dotyczy to również części składek finansowanych przez pracownika. W ocenie organów podatkowych wartość sfinansowanych przez pracodawcę składek na ubezpieczenie społeczne stanowi dla pracownika przychód ze stosunku pracy podlegający opodatkowaniu. Odmienne stanowisko prezentują w takich sprawach sądy. Wskazują one, że skoro to płatnik jest zobowiązany do prawidłowego naliczenia, pobrania i odprowadzenia składek, to pracownik nie powinien ponosić w tym zakresie negatywnych konsekwencji. Tym bardziej, jeśli do nieprawidłowości doszło z przyczyn leżących po stronie płatnika. Jak wynika z wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego wpłacone przez płatnika zaległe składki ZUS od wypłaconych wynagrodzeń pracowników nie podlegają opodatkowaniu PIT (wyrok z dnia 5 lutego 2021 roku, sygn. II FSK 2573/18). Ten pogląd podzielił również Minister Finansów w interpretacji ogólnej z dnia 30 marca 2023 roku, sygn. DD3.8203.1.2023.