Dodatkową zachętę stanowi fakt, że zgodnie z art. 149 § 2 Kodeksu pracy m. in. w stosunku do pracowników otrzymujących ryczałt za godziny nadliczbowe nie ewidencjonuje się godzin pracy. Pewnego odformalizowania spraw związanych z ewidencjonowaniem czasu pracy w odniesieniu do pracowników otrzymujących ryczałt za godziny nadliczbowe nie można jednak mylić z całkowitym zwolnieniem z obowiązku prowadzenia ewidencji czasu pracy. Odstępstwo, na które zezwala ustawodawca, polega wyłącznie na zwolnieniu z ewidencjonowania godzin pracy. Pracodawca powinien więc prowadzić ewidencję czasu pracy takiego pracownika w takim zakresie w jakim inne aspekty organizacji czasu pracy mają istotne znaczenie dla prawidłowego naliczenia wynagrodzenia pracownika tj. ewidencjonować na przykład wszelkiego rodzaju urlopy, inne rodzaje usprawiedliwionych nieobecności w pracy, jak i wystąpienie nieusprawiedliwionej nieobecności w pracy.
Należy jednak pamiętać, że ustawodawca podchodzi do problematyki ryczałtu za pracę w godzinach nadliczbowych z wyraźną rezerwą, a ryczałt jako substytut wynagrodzenia za pracę w godzinach nadliczbowych może być stosowany tylko w ograniczonym zakresie. Jak stanowi Sąd Najwyższy w wyroku z dnia 19. 05. 2004 r. (sygn. akt I PK 630/03) „ustalenie ryczałtu za pracę w godzinach nadliczbowych zwalnia pracodawcę z ewidencjonowania czasu pracy (art. 149 § 2), wówczas gdy pracownik świadczy pracę ponad normę czasu pracy, ale dokładna kontrola liczby przepracowanych godzin nadliczbowych jest wysoce utrudniona”. Zgodnie z wolą ustawodawcy dopuszczalność zastosowania ryczałtu jest powiązana ze specyfiką pracy wykonywanej przez pracownika, a mianowicie przy wprowadzeniu ryczałtu musi być spełniona przesłanka wykonywania przez pracownika pracy stale poza zakładem pracy. Innymi słowy ryczałt może zostać zastosowany w konkretnym stosunku pracy, jeżeli z uwagi na szczególne okoliczności realizacji przez pracownika swoich obowiązków nie istnieje możliwość bieżącej kontroli wykonywania przez pracownika pracy, jak i precyzyjnego ustalenia czasu poświęconego przez pracownika na pracę.
Konstruując ryczałt za pracę w godzinach nadliczbowych trzeba jednak pamiętać o kilku istotnych ”detalach”, które może nie do końca znajdują uzasadnienie wprost w przepisie, ale bardzo pomagają w razie sporu. Szczególnie jeśli zwrócimy uwagę na to, że tak jak ustawodawca podchodzi do ryczałtu z rezerwą, tak też instytucje kontrolne wykazują daleko posuniętą nieufność w tej kwestii.
Musimy pamiętać, że wysokość ryczałtu za pracę w godzinach nadliczbowych powinna odpowiadać przewidywanemu wymiarowi pracy w godzinach nadliczbowych. Dlatego podczas określania ryczałtu najlepszym rozwiązaniem jest wprost określenie za ile godzin nadliczbowych (np. w skali okresu rozliczeniowego) ustalamy ryczałt w określonej wysokości. Ryczałt powinien zawierać w sobie wszystkie elementy wynagrodzenia za pracę w godzinach nadliczbowych tj. zarówno normalne wynagrodzenie, jak i dodatek za pracę w godzinach nadliczbowych. Z tego wynika, że za nieprawidłową uznana zostanie występująca dość często praktyka uwzględniania w ryczałcie wyłącznie pierwszego elementu wynagrodzenia za pracę w godzinach nadliczbowych. Z drugiej strony szacując ryczałt nie możemy też przesadzić – w ujęciu akademickim ryczałt nie powinien zostać zaplanowany w wymiarze wyższym niż średnio 8 godzin tygodniowo, gdyż przekroczenie tej wartości doprowadziłoby do przekroczenia limitu czasu pracy łączonego z godzinami nadliczbowymi wynoszącego przeciętnie 48 godzin na tydzień w okresie rozliczeniowym. Ryczałt powinien być również skorelowany z rocznym limitem godzin nadliczbowych wynikających ze szczególnych potrzeb pracodawcy przyjętym w konkretnym zakładzie.
Ustalając ryczałt trzeba pamiętać, że w klasycznym zakładzie, w którym praca odbywa się przeciętnie 5 dni na tydzień w okresie rozliczeniowym (w oparciu o podstawowy system czasu pracy) właściwie nie powinno mieć miejsca przekroczenie normy przeciętnej tygodniowej. Stąd też szacując ryczałt w takiej sytuacji powinniśmy się właściwe ograniczyć do oparcia go na ewentualnym przekroczeniu norm dobowych. Uwzględnienie w ryczałcie przekroczeń tygodniowych będzie natomiast możliwe w tych systemach czasu pracy, w których niejako „legalnie” może dojść w pewnych sytuacjach do przekroczenia normy przeciętnej tygodniowej np. systemy równoważne czasu pracy.
Ryczałt za pracę w godzinach nadliczbowych jest ryczałtem „jednokierunkowym”. Trzeba bowiem pamiętać, że zgodnie z orzecznictwem „jeżeli pracownik wykonywał pracę w wymiarze wyższym niż było to przewidziane, przysługuje mu roszczenie o dopłatę do ustalonego ryczałtu” (np. wyrok SN z dnia 20 maja 1998 r., I PKN 143/98). Wystąpienie więc po stronie pracownika pracy w godzinach nadliczbowych w wymiarze istotnie wyższym niż określony ustalonym ryczałtem będzie powodowało obowiązek dodatkowego wynagrodzenia pracy w godzinach nadliczbowych świadczonej przez pracownika. Z drugiej strony niedopuszczalne jest postępowanie odwrotne tj. obniżanie ryczałtu w przypadku, gdy pracownik przepracuje mniej godzin nadliczbowych niż to wynikało z kalkulacji ryczałtu.