Zaliczkę na podatek dochodowy pobiera się od osiągniętego przez podatnika dochodu, który ustala się pomniejszając przychód o poniesione koszty. Zgodnie z ustawą o podatku dochodowym od osób fizycznych do przychodów ze stosunku pracy stosuje się koszty zryczałtowane. Natomiast w odniesieniu do przychodów z działalności wykonywanej osobiście, w tym między innymi z tytułu umowy zlecenia, stosuje się inne zasady.  

Kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów (art. 22 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych). W przypadku stosunku pracy, stosunku służbowego, pracy nakładczej stosuje się koszty zryczałtowane, w oparciu o art. 22 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zgodnie z art. 41 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przewidział, że w celu obliczenia zaliczki na podatek od umowy zlecenia lub umowy o dzieło płatnik powinien przychód pomniejszyć m.in. o miesięczne koszty uzyskania przychodów w wysokości określonej w art. 22 ust. 9 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Na tej podstawie przyjmuj się, że w analizowanej sytuacji co do zasady koszty wynoszą 20%. Natomiast w przypadku, gdy czynność stanowi przedmiot prawa autorskiego, koszty uzyskania przychodu wynoszą 50% (art. 22 ust. 9 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych).

Ustawodawca dopuszcza możliwość stosowania kosztów uzyskania przychodów w wysokości wydatków faktycznie poniesionych w odniesieniu do przychodów z umowy zlecenia. Podatnik może to zrobić, jeżeli wykaże, że koszty uzyskania przychodów były wyższe niż wynikające z zastosowania normy procentowej (art. 22 ust. 10 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych).

Należy pamiętać, że faktyczne koszty można uwzględnić dopiero na etapie składania zeznania o wysokości uzyskanego dochodu lub poniesionej straty za dany rok podatkowy. Nie można stosować kosztów faktycznie poniesionych przy ustalaniu zaliczki na podatek przez płatnika.