Pracodawca, pełniąc funkcję płatnika, jest zobowiązany do obliczenia, pobrania i wpłacenia zaliczki z tytułu podatku dochodowego od przychodów ze stosunku pracy w imieniu pracownika. Każdą z czynności musi wykonać prawidłowo. Z tego względu w pierwszej kolejności konieczne jest dokonanie prawidłowych naliczeń.

Jak wynika z art. 32 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych zakłady pracy będące osobami fizycznymi, osobami prawnymi oraz jednostkami organizacyjnymi nieposiadającymi osobowości prawnej są obowiązane jako płatnicy obliczać i pobierać w ciągu roku zaliczki na podatek dochodowy od osób, które uzyskują od tych zakładów przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, z pracy nakładczej lub ze spółdzielczego stosunku pracy, z zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego wypłacanych przez zakłady pracy lub z tytułu udziału w nadwyżce bilansowej wypłacanej w spółdzielniach pracy.

Zaliczki za miesiące od stycznia do grudnia wynoszą:

1. za miesiące, w których dochód podatnika uzyskany od początku roku od danego płatnika nie przekroczył kwoty 120 000 zł – 12% dochodu uzyskanego w danym miesiącu;

2. za miesiąc, w którym dochód podatnika uzyskany od początku roku od danego płatnika przekroczył kwotę 120 000 zł – 12% od tej części dochodu uzyskanego w tym miesiącu, która nie przekroczyła tej kwoty, i 32% od nadwyżki ponad kwotę 120 000 zł;

3. za miesiące następujące po miesiącu, o którym mowa w pkt 2 – 32% dochodu uzyskanego w danym miesiącu od danego płatnika.

Za miesiąc, w którym pracownik przekroczy próg dochodowy, pracodawca pobierze zaliczkę na podatek według dwóch stawek: 12% od tej części dochodu, która nie przekroczyła 120 000 zł i 32 % od nadwyżki ponad kwotę stanowiącą górną granicę pierwszego przedziału skali.

Dodatkowo ustawodawca dał możliwość korzystnego dla podatników poboru zaliczek w trakcie roku podatkowego w przypadku zamiaru wspólnego rozliczenia z małżonkiem albo rozliczania rodziców samotnie wychowujących dzieci. W tym celu konieczne jest złożenie stosownego oświadczenia. O takiej możliwości stanowi art. 32 ust. 3 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zgodnie z jego treścią, jeżeli podatnik złoży płatnikowi oświadczenie, że za dany rok zamierza opodatkować dochody w sposób określony wart. 6 ust. 2 albo 4d [ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych], a za rok podatkowy przewidywane, określone w oświadczeniu:

1. dochody podatnika nie przekroczą kwoty 120 000 zł, a małżonek lub dziecko nie uzyskują żadnych dochodów, które łączy się z dochodami podatnika – zaliczki za wszystkie miesiące roku podatkowego wynoszą 12% dochodu uzyskanego w danym miesiącu od tego płatnika i są dodatkowo pomniejszane za każdy miesiąc o kwotę stanowiącą 1/12 kwoty zmniejszającej podatek w przypadku oświadczenia dotyczącego opodatkowania dochodów na zasadach określonych wart. 6 ust. 2 albo 4d [ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych];

2. dochody podatnika przekroczą kwotę 120 000 zł, a dochody małżonka lub dziecka, które łączy się z dochodami podatnika, nie przekraczają tej kwoty – zaliczki za wszystkie miesiące roku podatkowego wynoszą 12% dochodu uzyskanego w danym miesiącu od tego płatnika.

Jeżeli świadczenia w naturze, świadczenia ponoszone za podatnika lub inne nieodpłatne świadczenia przysługują podatnikowi za okres dłuższy niż miesiąc, to przy obliczaniu zaliczek za poszczególne miesiące przyjmuje się ich wartość w wysokości przypadającej na jeden miesiąc. Jeżeli nie jest możliwe określenie, jaka część tych świadczeń przypada na jeden miesiąc, a doliczenie całej wartości w miesiącu ich uzyskania spowodowałoby niewspółmiernie wysoką zaliczkę w stosunku do wypłaty pieniężnej, to płatnik, na wniosek podatnika, ograniczy pobór zaliczki za dany miesiąc i pobierze pozostałą część zaliczki w następnych miesiącach roku podatkowego.

Dodatkowo istotne znaczenie dla prawidłowego ustalenia wysokości miesięcznej zaliczki na podatek dochodowy ma także złożenie przez podatnika oświadczenia co do dopuszczalności rozliczania kwoty wolnej od podatku i jej wysokości, wysokości kosztów uzyskania przychodu, a także korzystania ze zwolnienia od opodatkowania (np. zerowy PIT dla określonych grup pracowników).