Ze zmianą harmonogramu czasu pracy spotkamy się w sytuacji, gdy na skutek wystąpienia szczególnych okoliczności pracodawca dokonuje zmiany wyznaczonych pracownikowi godzin lub dni pracy. Dokonanie takich modyfikacji staje się problematyczne, jeśli harmonogram czasu pracy został już podany do wiadomości pracownika, a w konsekwencji pracownik dostosował sprawy prywatne do spraw zawodowych.
Do kwestii zmiany harmonogramu czasu pracy odnosi się stanowisko Głównego Inspektoratu Pracy z 6 kwietnia 2009 r. w sprawie naruszenia doby pracowniczej po wolnym dniu (nr GPP-417-4560-19/09/PE/RP). Jak wynika z przywołanego stanowiska „zmiana godzin pracy pracownika w poszczególnych dniach okresu rozliczeniowego stanowi zmianę harmonogramu czasu pracy tej osoby”.
Harmonogram czasu pracy, w świetle stanowiska PIP, nie może być dowolnie zmieniany w czasie trwania okresu rozliczeniowego, a jego zmiany są dopuszczalne jedynie w dwóch ściśle określonych sytuacjach. Po pierwsze, gdy zmiana harmonogramu wprost wynika z przepisów prawa pracy. W stanowisku jako przykład takich sytuacji wskazano art. 1513 i art. 15111 Kodeksu pracy. I tak na przykład udzielając dnia wolnego pracownikowi, który ze względu na okoliczności przewidziane w art. 151 § 1 Kodeksu pracy, wykonywał pracę w dniu wolnym od pracy wynikającym z rozkładu czasu pracy w przeciętnie pięciodniowym tygodniu pracy, w istocie dokonujemy zmiany harmonogramu czasu pracy.
Co ważniejsze, w świetle wskazanego stanowiska zmiana harmonogramu czasu pracy jest również dopuszczalna w sytuacjach określonych w zakładowych źródłach prawa pracy. W takim przypadku akt prawa zakładowego powinien również wskazywać przyczynę, z powodu której następuje zmiana harmonogramu czasu pracy np. długotrwała nieobecność lub choroba innego pracownika). Podkreślenie jednak wymaga, że „jeśli zatem dopuszczalność zmiany harmonogramu czasu pracy pracownika nie wynika z tych przepisów, jest ona niedopuszczalna”.