Zwrot następuje z urzędu, o ile podatnik nie posiada zaległości podatkowych. W razie, gdy taka zaległość istnieje to nadpłata nie zostanie zwrócona, a zaliczona na jej poczet oraz należności ubocznych (m.in. odsetek, kosztów upomnienia, itp.). Wynika to z art. 76 § 1 Ordynacji podatkowej. Zgodne z treścią wskazanego przepisu nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych.

Podatnik może także w inny sposób zadysponować swoją nadpłatą. Może zadecydować o tym, aby środki pozostały na jego koncie w organie podatkowym i zostały zaliczone na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. W tym celu musi złożyć stosowny wniosek, wskazując konkretne zobowiązanie podatkowe, które ma zostać pokryte.

Jeżeli dochodzi do zwrotu nadpłaty to ten najczęściej następuje na rachunek bankowy podatnika. Zgodnie z art. 77b § 1 Ordynacji podatkowej zwrot nadpłaty następuje:

1. w przypadku gdy podatnik, płatnik lub inkasent jest obowiązany do posiadania rachunku bankowego lub rachunku w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, wyłącznie na ten rachunek wskazany przez podatnika, płatnika lub inkasenta;
2. w przypadku gdy podatnik mający miejsce zamieszkania na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, płatnik lub inkasent nie jest obowiązany do posiadania rachunku bankowego lub rachunku w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, na wskazany rachunek bankowy lub rachunek w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej podatnika, płatnika lub inkasenta albo przekazem pocztowym, chyba że podatnik, płatnik lub inkasent zażądają zwrotu nadpłaty w kasie;
3. w przypadku gdy podatnik mający miejsce zamieszkania poza terytorium Rzeczypospolitej Polskiej nie jest obowiązany do posiadania rachunku bankowego lub rachunku w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, wyłącznie na wskazany rachunek bankowy podatnika.

Dniem zwrotu nadpłaty, w przypadku dokonania go przelewem, jest dzień obciążenia rachunku bankowego organu podatkowego. W przypadku, gdy podatnik otrzyma gotówkę to dniem zwrotu jest dzień nadania przekazu pocztowego lub dzień wypłaty środków lub postawienia ich do dyspozycji podatnika w kasie organu podatkowego.

Warto pamiętać, że nadpłata, której wysokość nie przekracza dwukrotności kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym, jeżeli nie wskazano rachunku, na który ma zostać zwrócona, podlega zwrotowi w kasie.