Jednym z podstawowych obowiązków płatnika jest prawidłowe obliczenie podatku, pobranie go z wynagrodzenia pracownika i przekazanie zaliczki właściwemu organowi podatkowemu w ustawowym terminie. O ile nie budzi wątpliwości, ani nie powinno rodzić szczególnych trudności wypełnienie tych obowiązków w przypadku świadczeń wypłacanych w formie pieniężnej, to może być to bardziej problematyczne w razie przekazywania świadczeń w naturze.

Ze świadczeń pieniężnych płatnik od razu potrąca właściwą część środków i odprowadza ją tytułem zaliczki na podatek dochodowy do organów administracji skarbowej. W przypadku świadczeń wypłacanych w naturze nie ma takiej możliwości. Ustawodawca nie przewidział regulacji, które nakładałyby na płatnika obowiązek pokrywania należnych zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych ze środków własnych płatnika. Podatek powinien być przecież sfinansowany przez podatnika, więc, gdy płatnik go wpłacił, to powinien domagać się zwrotu uiszczonej kwoty od pracownika. Jeśli do tego by nie doszło to po stronie pracownika powstałby kolejny przychód, odpowiadający wartości uregulowanego podatku dochodowego.

Płatnik, który wypłaca świadczenia w naturze, musi wykazać w PIT-11 wartość świadczeń, postawionych do dyspozycji pracownika. Podatek z tego tytułu pracownik rozlicza samodzielnie w rocznym zeznaniu podatkowym.