Pamiętać jednak należy, że aby pracodawca mógł zastosować podwyższone koszty uzyskania przychodu, pracownik powinien złożyć dodatkowe oświadczenie, w którym o to wniesie. Oświadczenie takie będzie skuteczne do czasu jego odwołania przez pracownika lub też do zakończenia stosunku pracy. Z uwagi na fakt, iż wzór takiego oświadczenia nie został urzędowo ustalony, jego forma zależy od pracodawcy. Warto również przypomnieć, że wskazanie adresu
w składanym przez pracowników oświadczeniu PIT-2 nie jest wystarczające do zastosowania podwyższonych kosztów.
W sytuacji gdy pracownik zawnioskuje o stosowanie podwyższonych kosztów uzyskania przychodów, pracodawca ma obowiązek ich stosowania, nieżalenie od wymiaru czasu pracy, liczby dni, w których pracownik do pracy dojeżdżał, środka lokomocji, z którego pracownik korzysta, oraz faktycznej odległość między miejscowością zamieszkania a miejscowością, w której znajduje się zakład pracy.
Jak zadecydował ustawodawca, po zakończeniu roku podatkowego pracownik, który ponosił wydatki związane z dojazdem do pracy do innej miejscowości, ma prawo zastosowania kosztów w wysokości faktycznie poniesionej. Warunkiem jest posiadanie przez podatnika imiennych biletów okresowych.