W trakcie niezdolności do pracy z powodu choroby pracownikowi przysługuje najpierw wynagrodzenie chorobowe, a później zasiłek chorobowy. Pierwsze świadczenie w każdym przypadku wypłaca pracodawca. Drugie może wypłacać Zakład Ubezpieczeń Społecznych albo pracodawca, jeśli jest płatnikiem zasiłków. Dzieje się tak w przypadku, gdy na koniec listopada roku poprzedzającego zgłaszał do ubezpieczenia chorobowego więcej niż 20 osób.

Wynagrodzenie chorobowe, w oparciu o treść art. 92 § 1 pkt 1 kodeksu pracy, przysługuje w wysokości 80% wynagrodzenia. Jest ono należne za czas niezdolności do pracy wskutek choroby lub odosobnienia w związku z chorobą zakaźną trwającej łącznie do 33 dni w ciągu roku kalendarzowego, a w przypadku pracownika, który ukończył 50 rok życia – trwającej łącznie do 14 dni w ciągu roku kalendarzowego. Po upływie wskazanych powyżej okresów pracownik ma prawo do zasiłku chorobowego.

Wynagrodzenie chorobowe, podobnie jak wynagrodzenie za pracę, stanowi dla pracownika przychód ze stosunku pracy (art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych). Natomiast zasiłek chorobowy powinien zostać zakwalifikowany jako przychód z innych źródeł. Katalog takich przychodów został zawarty przez ustawodawcę w art. 20 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, w którym wymieniono między innymi zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego. W ich definicji mieszczą się kwoty wypłacanych przez zakład pracy lub organ rentowy zasiłków chorobowych, wyrównawczych, macierzyńskich, opiekuńczych oraz świadczeń rehabilitacyjnych (art. 20 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych).

Uwzględnienie kosztów uzyskania przychodów jest możliwe w odniesieniu do przychodów ze stosunku pracy. Ustawodawca nie dopuszcza rozliczenia ich w przypadku, gdy pracownik w całym miesiącu osiąga wyłącznie przychody z innych źródeł. Jeżeli pracownik uzyska wynagrodzenie za pracę choćby za jeden dzień w miesiącu to pracodawca może zastosować koszty uzyskania przychodu w pełnej wysokości. W doktrynie przyjmuje się, że jeżeli jednak wynagrodzenie pracownika jest niższe niż kwota kosztów, pracodawca powinien obniżyć koszty uzyskania przychodu do wysokości przychodów (wynagrodzenia brutto).