Ewidencjonowanie czasu pracy pracowników za pomocą rejestratorów opartych na pobieraniu od pracownika jego danych biometrycznych (np. linii papilarnych) było przedmiotem wielu sporów. Kwestia ta doczekała się jednak (wydawać by się mogło – ostatecznego) rozstrzygnięcia w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 1 grudnia 2009 r. (sygn. akt I OSK 249/09), który uznał za niedopuszczalne stosowanie systemów ewidencjonowania czasu pracy pracowników z wykorzystaniem ich danych biometrycznych.
Sąd wyrokując w tej sprawie oparł się na braku równowagi w relacji pracodawca pracownik, który poddaje w wątpliwość dobrowolność wyrażenia przez pracownika zgody na pobieranie i przetworzenie jego danych biometrycznych. Ustawodawca dostrzegając ten brak równowagi charakterystyczny dla stosunków pracy zawęził w Kodeksie pracy (art. 221 Kodeksu pracy) zakres danych osobowych, których pracodawca może żądać od pracownika. Jak należy wyraźnie zaznaczyć – zdaniem wielu – zbyt wąsko w stosunku do potrzeb i oczekiwań praktyków.
W konsekwencji sąd uznał, że rozszerzenie zakresu danych osobowych żądanych od pracownika nie jest dopuszczalne w oparciu o bezpośrednie zastosowanie przepisów ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. o ochronie danych osobowych (Dz. U. z 2002 r. Nr 101, poz. 926 ze zmianami oraz z 2010 r. Nr 229, poz. 1497), a w szczególności art. 23 ust. 1 pkt. 1 ustawy o ochronie danych osobowych, w świetle którego przetwarzanie danych jest dopuszczalne wtedy, gdy osoba, której dane dotyczą, wyrazi na to zgodę.
W świetle wskazanego wyroku ujawnienie podczas kontroli PIP stosowania przez pracodawcę rejestratorów czasu pracy opartych na czytnikach danych biometrycznych pracownika skutkować będzie z pewnością skierowaniem wystąpienia o zaprzestanie stosowania tego rodzaju praktyki w związku z naruszeniem art. 221 Kodeksu pracy. Inspektor pracy nie jest natomiast uprawniony do stosowania jakichkolwiek działań sankcyjnych w przypadku dokonania takich ustaleń, ponieważ czyn w postaci gromadzenia danych biometrycznych pracownika nie jest wykroczeniem przeciwko prawom pracownika ściganym przez PIP. Nie oznacza to jednak, że pracodawca, który narusza przepisy prawa pracy w tym zakresie, nie musi liczyć się z konsekwencjami prawnymi. Należy bowiem zaznaczyć, że zgodnie z art. 49 ust. 1 ustawy o ochronie danych osobowych kto przetwarza w zbiorze dane osobowe, choć ich przetwarzanie nie jest dopuszczalne albo do których przetwarzania nie jest uprawniony, podlega grzywnie, karze ograniczenia wolności albo pozbawienia wolności do lat 2. Możliwe jest zatem, że po ujawnieniu faktu stosowania czytników danych biometrycznych podczas kontroli PIP, inspektor pracy poinformuje z urzędu o dokonanych ustaleniach Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych o dokonanych ustaleniach, a w skrajnych sytuacjach – skieruje bezpośrednio zawiadomienie o podejrzeniu popełnienie wskazanego przestępstwa.