W każdym przypadku koszty takich badań pokrywa pracodawca. Jest to jego obowiązek ustawowy, wynikający wprost z art. 229 § 6 kodeksu pracy. Wydatek tego rodzaju jest ponoszony w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów. Przesłankę uznania określonego świadczenia za koszt uzyskania przychodu stanowi bowiem jego poniesienie w celu uzyskania przychodu lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów. Tym samym pomiędzy kosztem a przychodem musi istnieć związek przyczynowo-skutkowy. Wobec tego niewątpliwie wydatkiem poniesionym w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą będzie wydatek poniesiony w celu pokrycia kosztów wstępnych, kontrolnych i okresowych badań lekarskich pracowników. Wobec tego takie wydatki będą uznawane za koszty uzyskania przychodu.

Warto także zwrócić uwagę, że pokrywanie przez pracodawcę kosztów badań lekarskich pracowników nie powoduje powstania po ich stronie przychodu. Nawet w przypadku, gdy pracownik poniesie koszty badań lekarskich, które następnie zostaną mu przez pracodawcę zwrócone, to pracownik nie uzyska dodatkowego świadczenia, którego wartość należałoby doliczyć do jego przychodu. Ustawodawca jednoznacznie uznał, że finansowanie kosztów badań lekarskich obciąża pracodawcę.