Za czas niezdolności do pracy z powodu choroby pracownikowi przysługuje wynagrodzenie chorobowe albo zasiłek chorobowy. Każde z nich stanowi przychód podlegający opodatkowaniu.

Wynagrodzenie chorobowe stanowi przychód ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Natomiast zasiłku chorobowego nie zalicza się do przychodów ze stosunku pracy. Stanowi on przychód z innych źródeł.

Od wynagrodzenia chorobowego oraz zasiłku chorobowego płatnik składek obowiązany jest obliczać i pobrać zaliczki na podatek dochodowy (art. 31 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych). W przypadku wynagrodzenia chorobowego płatnikiem składek jest zawsze pracodawca. Natomiast w odniesieniu do zasiłku chorobowego płatnikiem może być pracodawca albo ZUS. Jeżeli zasiłek chorobowy wypłacany jest przez pracodawcę, to powinien on obliczyć i pobrać należny podatek dochodowy.

Ustalając miesięczną zaliczkę na podatek dochodowy od wynagrodzenia za czas choroby oraz od zasiłku chorobowego należy w pierwszej kolejności obliczyć dochód. Dochód stanowi uzyskany przez pracownika przychód pomniejszony o koszty uzyskania przychodów oraz potrącone przez płatnika w danym miesiącu składki na ubezpieczenia społeczne. Koszty uzyskania przychodów uwzględnia się, jeżeli w danym miesiącu ma miejsce wypłata należności stanowiących przychód ze stosunku pracy np. wynagrodzenia za czas choroby. Nie będzie miało to miejsca w stosunku do należności zaliczanych do przychodów z innych źródeł np. zasiłku chorobowego. Tym samym do zasiłku chorobowego będącego przychodem z innych źródeł nie stosuje się „pracowniczych” kosztów uzyskania przychodu.