Jednym z rozwiązań, za którego wprowadzeniem optowali przedstawiciele przedsiębiorców, był przepis regulujący miejsce przeprowadzenia kontroli. Zgodnie z zamierzeniem ustawodawcy nowe rozwiązania miały ograniczyć proceder polegający na narzucaniu przedsiębiorcom przeprowadzania kontroli w siedzibie urzędu, jak i w godzinach dogodnych dla urzędnika. Istota nowego rozwiązania polegała na tym, że urząd (a raczej urzędnik) powinien dostosować się do kontrolowanego, a nie odwrotnie.
W tym świetle trzeba jednak zwrócić uwagę, że art. 77 ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej nadaje ustawie nadrzędny charakter nad regulacjami szczególnymi. Zgodnie z przywołanym przepisem kontrola działalności gospodarczej przedsiębiorców przeprowadzana jest na zasadach określonych w ustawie (o swobodzie działalności gospodarczej), chyba że zasady i tryb kontroli wynikają z bezpośrednio stosowanych przepisów powszechnie obowiązującego prawa wspólnotowego albo z ratyfikowanych umów międzynarodowych. Przepisy zawarte w ustawach szczególnych znajdą zastosowanie dopiero do spraw nieuregulowanych w rozdziale 5 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
I tak zgodnie z art. 80a ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej kontrolę przeprowadza się w siedzibie kontrolowanego lub w miejscu wykonywania działalności gospodarczej oraz w godzinach pracy lub w czasie faktycznego wykonywania działalności gospodarczej przez kontrolowanego. Wyjątkowo, i to wyłącznie za zgodą kontrolowanego, kontrola lub jej poszczególne czynności, mogą być przeprowadzane również w siedzibie organu kontroli. Dodatkowym warunkiem przeprowadzenia kontroli w siedzibie organy kontroli jest wymóg usprawnienia w ten sposób prowadzenia kontroli (np. dostęp do sprzętu komputerowego koniecznego do wydrukowania protokołu kontroli, a którym nie dysponuje kontrolowany).
Przepis ten pozostaje w pozornej sprzeczności z art. 26 ust. 1 i 2 ustawy o Państwowej Inspekcji Pracy, zgodnie z którym kontrolę przeprowadza się w siedzibie podmiotu kontrolowanego oraz w innych miejscach wykonywania jego zadań lub przechowywania dokumentów finansowych i kadrowych, a poszczególne czynności kontrolne mogą być wykonywane także w siedzibie jednostki organizacyjnej Państwowej Inspekcji Pracy.
Jak wspomniano powyżej, ustawa o swobodzie działalności gospodarczej, ma w stosunku do ustawy o Państwowej Inspekcji Pracy charakter nadrzędny w zakresie zasad przeprowadzania kontroli działalności podmiotu posiadające status przedsiębiorcy. Zatem, pomimo że ustawa o PIP nie zawiera żadnych szczególnych ograniczeń (w szczególności wymogu zgody kontrolowanego) w przeprowadzaniu czynności kontrolnych w siedzibie jednostki organizacyjnej Państwowej Inspekcji Pracy, to nie można uznać, że organy PIP mają swobodę w narzucaniu miejsca przeprowadzenia kontroli przedsiębiorcy.
W kontekście art. 80a ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej należy więc uznać za niedopuszczalną praktykę polegającą na rozpoczynaniu kontroli od wezwania (zazwyczaj z pouczeniem o odpowiedzialności karnej) przedsiębiorcy do stawiennictwa w urzędzie i przedstawienia niezbędnych do kontroli dokumentów. Przeprowadzenia kontroli w siedzibie jednostki organizacyjnej PIP będzie bowiem możliwe tylko po uprzedniej zgodzie na to wyrażonej przez przedsiębiorcę. Co prawda ustawa nie wprowadza w tym zakresie wymogu nadania zgodzie formy pisemnej, jednak trzeba pamiętać, że w razie sporu to organ PIP będzie musiał udowodnić zgodę podmiotu kontrolowanego na przeprowadzenie kontroli w jednostce organizacyjnej PIP. Niewątpliwie nie można natomiast uznać za wystarczającą dla spełnienia wymogów wynikających z przywołanych przepisów zgody dorozumianej (wyrażonej poprzez stawiennictwo kontrolowanego w urzędzie). Należy bowiem pamiętać o tym, że zgodnie z art. 77 ust. 6 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej dowody przeprowadzone w toku kontroli przez organ kontroli z naruszeniem przepisów prawa w zakresie kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy, jeżeli miały istotny wpływ na wyniki kontroli, nie mogą stanowić dowodu w żadnym postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karno-skarbowym dotyczącym kontrolowanego przedsiębiorcy. Zatem również naruszenie przez organ PIP reguły wyrażonej w art. 80a ust. 1 i 2 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej mogą zniweczyć – o ile miały istotny wpływ na wyniki kontroli – możliwość użycia ich w prowadzonym wobec kontrolowanego podmiotu postępowaniu, w szczególności zmierzającym do zastosowania środków prawnych określonych w art. 11 ustawy o PIP bądź zmierzającym do przeprowadzenia postępowania w sprawie o wykroczenie.