Podstawowym zagadnieniem dla prawidłowego rozliczenia kosztów uzyskania przychodów u pracownika jest niewątpliwie prawidłowe zakwalifikowanie źródeł, z których pochodzą wynagrodzenie chorobowe i zasiłek chorobowy.

Jak wynika z art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wynagrodzenie chorobowe stanowi dla pracownika przychód ze stosunku pracy. Zgodnie z treścią wskazanego przepisu przychód ze stosunku pracy stanowią wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych.

Natomiast zasiłek chorobowy zaliczany jest do przychodów z innych źródeł. Wynika to z art. 20 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Ustawodawca wskazał, iż w tym katalogu mieszczą się przychody z tytułu zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego. Za zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego uważa się kwoty wypłacanych przez zakład pracy lub organ rentowy zasiłków chorobowych, wyrównawczych, macierzyńskich, opiekuńczych oraz świadczeń rehabilitacyjnych. (art. 20 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych).

Z uwagi na to, iż otrzymane przez pracownika przychody z wynagrodzenia chorobowego stanowią przychód ze stosunku pracy to przy obliczeniu kwoty zaliczki na podatek dochodowy od rzeczonego świadczenia uwzględnić należy pracownicze koszty uzyskania przychodów. Koszty te nie podlegają natomiast uwzględnieniu przy obliczaniu zaliczki na podatek dochodowy od zasiłku chorobowego jako przychodu z innych źródeł.

Na zakończenie warto zwrócić uwagę, iż nawet w przypadku, gdy pracownik uzyska wynagrodzenie choćby za jeden dzień w miesiącu to pracodawca może zastosować koszty uzyskania przychodu w pełnej wysokości. W doktrynie przyjmuje się, że jeżeli jednak wynagrodzenie pracownika jest niższe niż kwota kosztów, pracodawca powinien obniżyć koszty uzyskania przychodu do wysokości przychodów (wynagrodzenia brutto). W deklaracji PIT-11 płatnik może wykazać tylko taką kwotę kosztów, jaką faktycznie potrącił. Podatnik może jednak sam uwzględnić pełną kwotę kosztów w zeznaniu rocznym.