Podatek zryczałtowany stosuje się do przychodów wynikających z umowy zawartej z osobą, która nie jest pracownikiem płatnika (zleceniodawcy), a kwota należności określona w tej umowie nie przekracza 200 zł brutto (art. 30 ust. 1 pkt 5a ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych). W takiej sytuacji płatnik (zleceniodawca) nalicza zryczałtowany podatek w wysokości 12% przychodu, bez pomniejszania o koszty uzyskania przychodów i potrącone składki na ubezpieczenie społeczne.

W przypadkach innych niż opisany powyżej, a więc jeżeli umowa zlecenie jest zawierana pomiędzy dotychczasowymi stronami stosunku pracy lub opiewa na kwotę wyższą niż 200 zł brutto to nie można do niej zastosować podatku zryczałtowanego. W takich okolicznościach należy odwołać się do art. 41 ust. 1 i 1a ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Płatnik pobiera wtedy zaliczkę na podatek dochodowy stosując najniższą stawkę skali podatkowej, czyli 12%. Bez znaczenia pozostaje wysokość osiąganych przychodów. Wyższą stawkę podatkową płatnik może zastosować tylko wtedy, gdy z takim wnioskiem wystąpi zleceniobiorca (art. 41a ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych).

Od przychodu potrąca się składki na ubezpieczenie społeczne oraz miesięczne koszty uzyskania przychodów w wysokości 20 albo 50% (zgodnie z art. 22 ust. 9 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych). Jeżeli rzeczywiste koszty wykonania zlecenia są wyższe od tych określonych ustawowo, to zleceniobiorcy mogą one przysługiwać w wysokości faktycznie poniesionej. Jednak płatnik nie może ich zastosować na etapie ustalania zaliczki na podatek. Zleceniobiorca może je uwzględnić dopiero w zeznaniu rocznym.

Niezależnie od formy opodatkowania umowy zlecenie, stosowny podatek odprowadza się do właściwego urzędu skarbowego do 20 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym został on pobrany.