Zgodnie z art. 92 § 1 pkt 1 kodeksu pracy za czas niezdolności pracownika do pracy wskutek choroby lub odosobnienia w związku z chorobą zakaźną – trwającej łącznie do 33 dni w ciągu roku kalendarzowego, a w przypadku pracownika, który ukończył 50 rok życia – trwającej łącznie do 14 dni w ciągu roku kalendarzowego – pracownik zachowuje prawo do 80% wynagrodzenia, chyba że obowiązujące u danego pracodawcy przepisy prawa pracy przewidują wyższe wynagrodzenie z tego tytułu. Opisane świadczenie to wynagrodzenie chorobowe. Po upływie okresu wskazanego w tym przepisie pracownik niezdolny do pracy z powodu choroby uzyskuje zasiłek chorobowy z ubezpieczenia społecznego.

Oba świadczenia podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych. Wobec tego płatnik składek powinien obliczyć i pobrać zaliczkę na podatek dochodowy. W przypadku wynagrodzenia chorobowego płatnikiem składek jest zawsze pracodawca. Natomiast płatnikiem w przypadku zasiłku chorobowego może być pracodawca lub ZUS. Jeśli jest on wypłacany za pośrednictwem zakładu pracy, płatnikiem składek jest pracodawca. ZUS pełni natomiast funkcję płatnika wobec tych ubezpieczonych, którym wypłaca zasiłek chorobowy.

Trzeba zwrócić uwagę, że choć oba omawiane świadczenia są związane z niezdolnością do pracy to w każdym przypadku różne jest źródło przychodu. Wynagrodzenie chorobowe stanowi przychód ze stosunku pracy w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych. Natomiast zasiłek chorobowy powinien zostać zakwalifikowany jako przychód z innych źródeł. Art. 20 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych za przychody z innych źródeł nakazuje uważać m.in. zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego. Przepis ten uzupełnia art. 20 ust. 2 ustawy, w myśl którego zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego stanowią kwoty wypłacanych przez zakład pracy lub organ rentowy zasiłków chorobowych, wyrównawczych, macierzyńskich, opiekuńczych oraz świadczeń rehabilitacyjnych.

Co ważne, do zasiłku chorobowego będącego przychodem z innych źródeł nie stosuje się „pracowniczych” kosztów uzyskania przychodu (zob. Interpretacja indywidualna Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach z dnia 19 lipca 2012 r., nr IBPBII/1/415-406/12/MK). Koszty uzyskania przychodów uwzględnia się, jeżeli w danym miesiącu ma miejsce wypłata należności stanowiących przychód ze stosunku pracy.