Aby prawidłowo zakwalifikować dane stypendium w pierwszej kolejności należy rozpoznać fundatora. W zależności od tego kto jest fundatorem, stypendium może korzystać ze zwolnienia w całości lub tylko w części. I tak, jeżeli na przykład stypendium zostało przyznane w oparciu o przepisy dotyczące stopni naukowych i tytułów naukowych lub na podstawie przepisów Prawo o szkolnictwie wyższym, to korzysta ono ze zwolnienia od podatku dochodowego w całości. Również z pełnego zwolnienia korzystają świadczenia pomocy materialnej dla uczniów i osób uczestniczących w innych formach kształcenia, pochodzące z budżetu państwa, budżetów jednostek samorządu terytorialnego oraz ze środków własnych szkół przyznane na podstawie przepisów o systemie oświaty oraz inne stypendia za wyniki w nauce, których zasady przyznawania zostały zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania (art. 21 ust. 1 pkt 40 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych). Zaś w sytuacji, gdy stypendium zostało przyznane przez jednostki samorządu terytorialnego lub przez organizacje, o których mowa w art. 3 ust. 2 i 3 ustawy o działalności pożytku publicznego, może korzystać ze zwolnienia do wysokości nieprzekraczającej w roku podatkowym kwoty 3 800 zł. Wynika to z art. 21 ust. 1 pkt 40b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Aby takie zwolnienie mogło mieć zastosowanie, muszą zostać jeszcze spełnione następujące warunki:

• stypendium jest otrzymywane przez osoby posiadające status ucznia lub studenta,
• wysokość i zasady udzielania stypendium zostały określone w uchwale organu stanowiącego jednostki samorządu terytorialnego, natomiast
• w przypadku organizacji pożytku publicznego stypendium jest wypłacane na podstawie regulaminów zatwierdzonych przez organy statutowe i udostępnionych do publicznej wiadomości.

Jeżeli stypendium zostało przyznane w kwocie wyższej, po zakończeniu roku podatkowego płatnik ma obowiązek wystawić informacje PIT-8C. PIT-11 płatnik sporządza natomiast wtedy, gdy stypendium nie wypełnia przywołanych wyżej przesłanek, a wobec tego nie korzysta ze zwolnienia od opodatkowania. Od wypłaconego świadczenia powinien obliczyć, pobrać i odprowadzić zaliczkę na podatek.