Koszty uzyskania przychodu ustawodawca określił jako kwotę zryczałtowaną, której wysokość jest uzależniona od ilości stosunków pracy, z jakich pracownik uzyskuje przychody. Ponadto pracodawca może zastosować podwyższone koszty, jeśli miejsce stałego lub czasowego zamieszkania podatnika jest położone poza miejscowością, w której znajduje się zakład pracy, i podatnik nie uzyskuje dodatku za rozłąkę. Wysokość kosztów uzyskania przychodów wynika z art. 22 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Z treści przepisu należy wysnuć wniosek, że dla wysokości kup nie ma znaczenia wysokość przychodu uzyskanego przez pracownika, liczba wypłat w miesiącu czy wymiar czasu pracy. Zatem w każdym miesiącu pracodawca może potrącić koszty uzyskania przychodu tylko raz w wysokości określonej przez ustawodawcę.

Dodatkowo, jeśli pracownik złoży pracodawcy oświadczenie PIT-2 to pracodawca może uwzględniać kwotę wolną od podatku w odpowiedniej wysokości. Może pomniejszać o 1/12, 1/24 lub 1/36 kwoty zmniejszającej podatek zaliczkę na PIT. Wartość kwoty wolnej jest stała i nie jest uzależniona od wysokości wynagrodzenia czy liczby wypłat w danym miesiącu. Podobnie jak koszty uzyskania przychodu, pracodawca może w danym miesiącu zastosować kwotę wolną tylko raz.

Ustalając wysokość wynagrodzenia wypłaconego pracownikowi jako drugie w miesiącu pracodawca nie może uwzględnić kosztów uzyskania przychodu i kwoty zmniejszającej podatek. W każdym miesiącu mogą one być uwzględnione tylko raz. Ma to bezpośredni wpływ na wysokość zaliczki na podatek dochodowy odprowadzanej od drugiego wynagrodzenia.